Homeofarm – Bulk Biotech Lab Suppliers

Pandemia z 2019 r. spowodowana nowym koronawirusem (SARS-CoV-2) nadal szybko rozprzestrzenia się na całym świecie. Amplifikacja kwasu nukleinowego służy jako złoty standard metody potwierdzania zakażenia COVID-19. Jednak wyzwania stojące przed laboratoriami diagnostycznymi z krajów nierozwiniętych obejmują brak zestawów i materiałów do oczyszczania wirusowego RNA. Dlatego pilnie należy zweryfikować alternatywne metody izolacji kwasów nukleinowych dla SARS-CoV-2.

Nasze wyniki pokazują, że stężony bufor do amplifikacji lizy wirusa (vLAB) przygotowany z niejonowym detergentem IGEPAL umożliwia jakościowe wykrywanie SARS-CoV-2 przez bezpośrednią reakcję łańcuchową odwrotnej transkryptazy-polimerazy (dRT-PCR). Ponadto vLAB skutecznie inaktywował SARS-CoV-2. Ponieważ metoda ta jest niedroga i nie jest wymagany sprzęt do oczyszczania RNA ani dodatkowa synteza cDNA, to dRT-PCR z vLAB należy rozważyć jako alternatywną metodę jakościowego wykrywania SARS-CoV-2.

Liza komórek, a następnie uwolnienie genomowego DNA to ciągły dylemat technik biologii molekularnej.

W większości przypadków technologie takie jak PCR i inne techniki amplifikacji wymagają etapów ekstrakcji i oczyszczania DNA. Proces inteligentnej amplifikacji w wersji 2 (SmartAmp2) to izotermiczna i zintegrowana technologia amplifikacji, która eliminuje potrzebę czasochłonnego przygotowywania próbek w celu szybkiego wykrywania kwasów nukleinowych, w tym polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP), mutacji i innych celów. Ponadto amplifikacja DNA bezpośrednio z pełnej krwi jest korzystna i zmniejsza ryzyko zanieczyszczenia krzyżowego. Tradycyjne testy SmartAmp2 obejmują dwa etapy i wymagają wstępnej obróbki alkalicznej w temperaturze 98 stopni C przed przebiegiem w temperaturze 60 stopni.

Aby uczynić SmartAmp2 prawdziwie izotermicznym i uprościć amplifikację DNA, niniejszym wprowadzamy SmartAmp Isothermal Lysis Buffer (SIL-B), nowo opracowany chaotropowy bufor do lizy, który umożliwia jednoczesne odzyskiwanie i denaturację materiału genomowego bezpośrednio z pełnej krwi w jednolitych 60 stopniach C. Udoskonalona metoda izolowania kwasów nukleinowych z krwi pełnej jest kamieniem milowym w tworzeniu prawdziwie izotermicznego wzmacniacza SmartAmp2 od początku do końca w jednej temperaturze, zwiększając jego potencjał do rutynowego stosowania w terenowych testach przyłóżkowych. Ponadto wstępne traktowanie SIL-B umożliwia amplifikację PCR materiału genomowego bezpośrednio z pełnej krwi.

Wykrywanie wirusów na jagodach jest trudnym zadaniem, często utrudnionym przez obecność substancji hamujących RT-qPCR z soku z jagód.

Wcześniej opublikowano metodę bezpośredniej ekstrakcji do wykrywania wirusów (mysiego norowirusa i faga GA) z mrożonych malin. Rozbudowaliśmy (różne rodzaje jagód i wirusów) i ulepszyliśmy metodę za pomocą kolumn MobiSpin S400, które filtrują kwasy nukleinowe w oparciu o chromatografię wykluczenia. Chociaż w przefiltrowanym RNA nie wykryto hamowania, niefiltrowany RNA wymagał rozcieńczenia od 1:2 do ponad 1:8 w celu usunięcia hamowania. Zmodyfikowana metoda dała odzyskanie norowirusa bydła około 40,8 ± 4,5% (40,0 ± 7,0%), 48,0 ± 26,0% (50,5 ± 7,8%), 28,3 ± 2,6% (45,8 ± 6,6%) z mrożonych (świeżych) malin, truskawek i odpowiednio jagody. W przypadku tych samych próbek odzyski wirusa zapalenia wątroby typu A wynosiły 34,0 ± 5,9% (34,0 ± 6,0%), 40,0 ± 13,3% (34,2 ± 10,5%) i 23,0 ± 6,8% (31,5 ± 7,9%).

W przypadku adenowirusa 40 (wirus DNA) odzyski wynosiły odpowiednio 21,2 ± 8,6%, 16,0 ± 3,2% i 5,7 ± 0,2% ze świeżych malin, truskawek i jagód, a filtracja kolumnowa nie przyniosła żadnego polepszenia efektu. Zmodyfikowana metoda jest skuteczna i oszczędza czas w wykrywaniu wirusowego RNA zarówno ze świeżych, jak i mrożonych jagód. Jako nowa metoda wykrywania i bezpośredniej oceny ilościowej, cyfrowy RT-PCR kropelkowy został porównany z RT-qPCR i był znacznie mniejszy pod wpływem inhibitorów podczas wykrywania mengowirusa w niefiltrowanym RNA z jagód. Jednak w przypadku niskich poziomów czystego RNA RT-qPCR wykazał nieco wyższą czułość i bardziej stabilne wyniki.

Celem tego badania było bezpośrednie wykrycie koronawirusa kotów metodą PCR w czasie rzeczywistym oraz trzema różnymi szybkimi testami immunochromatograficznymi (RIM) wykrywającymi antygeny w próbkach kału kotów ze schronisk.

Na podstawie czułości i swoistości obliczonych dla każdego z testów RIM porównano użyteczność testów RIM. Zbadano siedemdziesiąt próbek kału pochodzących od kotów ze schroniska poddanych kwarantannie. Spośród 70 próbek analizowanych metodą PCR w czasie rzeczywistym 44 (62,9%) było pozytywnych. Znacząco więcej kotów ( p  < 0,05) uzyskało wynik pozytywny niż negatywny. Ani wiek, ani płeć kotów nie odgrywały istotnej roli ( p  > 0,05) w stanie wydalania wirusa.

Stwierdzono, że czułość testów RIM jest niska (<35%; testy RIM A i C) do poziomu zadowalającego (>50%, test RIM B). Liczba cząstek wirusa określona na podstawie analizy RT-PCR w czasie rzeczywistym nie korelowała istotnie z wynikami wykrytymi w żadnym z testów RIM ( p  > 0,05). Wyniki tego badania wskazują, że zastosowanie szybkich testów antygenowych RIM w rutynowych badaniach przesiewowych statusu wydalania FCoV u kotów ze schroniska jest ograniczone ze względu na występowanie dużej liczby wyników fałszywie ujemnych.

COVID-19 to choroba zakaźna, która spowodowała globalną pandemię dotykającą ludzi na całym świecie. Ponieważ wykrywanie chorób i wprowadzanie szczepionek postępują, nadal istnieje zapotrzebowanie na skuteczne narzędzia diagnostyczne, aby zaspokoić potrzeby w zakresie ciągłych testów. W tym wstępnym badaniu oceniono nowy test diagnostyczny SARS-CoV-2 o nazwie DirectDetect SARS-CoV-2 Bezpośrednia reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkryptazą w czasie rzeczywistym (RT-PCR) w oparciu o ograniczoną wielkość próbki 24 próbek oddechowych z 14 SARS-CoV- Pacjenci 2-pozytywni. Test jest korzystniejszy w porównaniu z innymi testami dostępnymi na rynku, ponieważ nie wymaga pożywki transportowej wirusa ani ekstrakcji wirusowego RNA przed amplifikacją i detekcją kwasu nukleinowego.

Ta zdolność przekształca wielogodzinny czas przygotowania próbki w procedurę trwającą kilka minut, jednocześnie eliminując potrzebę stosowania wielu kosztownych odczynników, które mogą być trudne do uzyskania podczas gwałtownego wzrostu liczby testów opartych na kwasach nukleinowych podczas pandemii. Wyniki wskazują na pozytywną zgodność 94,7, 100 i 94,7% między suchymi wymazami z próbkami, próbkami poddanymi działaniu i próbkami niepoddanymi działaniu testowanymi przy użyciu DirectDetect SARS-CoV-2 Direct Real-time RT-PCR w porównaniu z testami stosowanymi w laboratorium klinicznym, odpowiednio.

Odkrycia wskazują, że DirectDetect może być używany do wielu różnych typów próbek przy jednoczesnym zmniejszeniu liczby odczynników i czasu potrzebnego do diagnozy. Chociaż badanie to pokazuje obiecujące wyniki przy użyciu wyników DirectDetect, dalsza walidacja tego testu przy użyciu większego zestawu próbek jest wymagana do oceny rzeczywistej wydajności tego testu.